In ebenjenem Refektorium hing Vasaris Tafelbild neben Taddeo Gaddis (1290–1366) Fresko desselben Sujets. Ursprünglich schuf Vasaris sein Gemälde für eine Klosterschule. Dort konnte er jedoch keine sechs Monate, die er brauchte, um es fertigzustellen, verweilen. Deshalb fertigte er das Werk nicht vor Ort an, sondern brachte es in Teilen auf fünf Holzpaneelen im Kloster der Benediktinerinnen der Le Murate in Florenz an. Dieses wurde jedoch drei Jahrzehnte später in ein Frauengefängnis umgebaut, und Vasaris Tafelgemälde kam in die Basilika Santa Croce.
Nach der Flut retteten Konservatoren etwa 200 Tafelbilder in die Limonaia der Boboli Gardens. Die Werke wurden zum Trocknen ausgelegt, doch die Malfläche von Vasaris „Abendmahl” verlor trotzdem immer weiter an Substanz. Erst im Jahre 2004 kam das Tafelbild in die Opificio delle Pietre Dure (OPD), Italiens erstklassiges und modernes Labor für konservatorische Maßnahmen. Ein langwieriger und akribischer Prozess begann, in dem die Restauratoren in gebündelter Kraft die bröckelnde Schicht der Oberfläche zu festigen versuchten. Bis 2010 gingen die Arbeiten an dem Werk jedoch nicht über eine Konsolidierung hinaus. Erst als Getty Foundation eine dreijährige Unterstützung für die strukturelle Konservierung des „Abendmahl” garantierte, nahm die Rettungsaktion Fahrt an.
2013 konnten das Holz stabilisiert und seine fünf Paneele zum ersten Mal seit 47 Jahren zusammengefügt werden. 2014 begann die Restaurierung der fehlenden Bereiche der Malschichten, die lange als unwiederbringlich abgetan wurden. Hinter den Arbeiten steckte ein Team aus erfahrenen Restauratoren, Konservatoren und Studierenden aus Europa und Nordamerika. Eine der beteiligten Experten war Britta New, Restauratorin an der National Gallery of London. Sie erzählt: „Die Zeit, in der ich zusammen mit den Restauratoren in der OPD an Vasaris Werk arbeiten konnte, war unersetzlich und brachte mir so viele neue Erkenntnisse und Fertigkeiten, die ich nun auf komplexe Restaurierungsfälle hier in London übertragen kann.“
Seit November 2016 hängt das Tafelbild –zeitgleich zum 50. Jahrestag der Flut in Florenz – wieder an seinem ursprünglichen Ort, dem Refektorium der Basilika Santa Croce. Die über Jahrzehnte anhaltende Rettung geht damit zweifellos in die Geschichte der kompliziertesten und anspruchsvollsten restauratorischen Projekte ein, die es je gab.